Chiamati dalla popolazione del capoluogo mugellano, la prima pietra del convento fu posta il 2 giugno del 1613, e la chiesa fu intitolata a San Carlo Borromeo.

Il convento fu soppresso due volte, dalle leggi napoleoniche prima (1810) e da quelle italiane poi (1866), ritornando ai Cappuccini rispettivamente nel 1814 e nel 1872.

Il convento è stato sede fino agli anni cinquanta del XX secolo del corso di sacra eloquenza, deputato alla formazione dei futuri predicatori, e per questo dotato di una fornita biblioteca in materia; è stato inoltre occasionalmente sede del Seminario minore e infine, dal settembre 1997 allo stesso mese del 2016, è stato casa di formazione per post-novizi e gli studenti cappuccini toscani.

La chiesa, consacrata nel 1766, è un magistrale esempio della semplice architettura cappuccina, è stata ristrutturata agli inizi del secolo XXI, e conserva un pregevole altare maggiore con un imponente crocifisso ligneo policromo del XVII secolo, attorniato dalle figure dei dolenti dipinte su tela, secondo la diffusa iconografia di Pietro da Cortona. Sul piazzale della chiesa vi è il cenacolo francescano, edificio dei primi del novecento, interamente decorato dalle manifattura Chini.

I frati prestano servizio religioso-pastorale nel vicino Villaggio San Francesco, una struttura per anziani e disabili fondata nel 1926 da p. Massimo da Porretta (1873 – 1969), gestita dalla locale fraternità Terz’Ordine Francescano, che, avendo personalità giuridica, ne è proprietaria.

Affidata al convento è la parrocchia di San Giovanni Battista a Senni, nel cui territorio rientra anche la chiesa di San Bartolomeo a Petrona.

I locali delle ex-stalle e fienile, ristrutturati, ospitano la casa per gruppi in autogestione “Don Tonino Bello”, gestita dal Terz’ordine Francescano.